2 етап
Однак у липні 1566 року він підготував Філіпу передплатну грамоту, згідно з якою той мав не залишати митрополії навіть в період опричнини. У березні 1568 року Філіп відмовився благословити правителя і знову зажадав скасування опричной політики. У відповідь на це його слуги були побиті, а проти самого Філіпа цар порушив справу в церковному суді. Пізніше той був відправлений у Тверській монастир і убитий в 1569 році за чергове непокору царя дати благословення на Новгородський похід.
Іваном було порушено справу проти лідера Боярської Думи – Івана Федорова, що славиться своєю чесністю. Це не зіграло на руку цареві, тому він убив Федорова разом з 30 звинуваченими спільниками.
В 1569 році по Руській землі ходила чутка, що Новгород бажає зробити правителем двоюрідного брата Івана – Володимира Старицького, а новгородці хочуть підкоритися Литві. Щоб розвіяти чутки, цареві було необхідному умертвити Старицького з його сім’єю і зробити похід на Новгород з метою покарати распускающих чутки.
Спалення зазнали Клин, Торжок, Твер, Псков і сам Новгород. В ньому була вирізана половина всіх жителів, розгромлено 27 монастирів і храмів.
25 липня 1570 року цар влаштовує великі страти на Поганою Калюжі в Москві. До смерті засуджені такі опричники, як Висковатый, Вяземський та інші. Масові вбивства в Москві 1570-71 рр. з’явилися апогеєм доктрини внутрішньополітичних заходів Івана Грозного. Народ вішали, різали, кололи, обдавали окропом. Правитель особисто брав участь у цих процедурах, щоб продемонструвати всім, що станеться з ними, якщо вони засумніваються в діяннях правителя.
В 1572 році було розгромлено військо хана Девлет-Гірея, який пішов на Москву. Однак ця перемога далася дуже важко, оскільки опричники, які звикли грабувати мирних жителів, які не з’явилися на битви, тому людей набралося лише на один полк. Після низки таких подій цар наказав припинити застосовувати в мові слова «опричнина, опричник». Однак скасування опричнини тут не передбачалася, адже публічний наказ не виносилося, а насильство продовжувало здійснюватися.
