1584 – 1598 рр .. – період царювання Федора Івановича, останнього Рюриковича на російському престолі. Більшість істориків вважає, що цей цар був несповна розуму, тому фактично в період його царювання країною керував Борис Годунов.
В 1580 р. Федір одружився з Іриною Годунової – сестрі Бориса. Після цього починається швидкий кар’єрний ріст Годунова. Через рік йому було подаровано боярський чин.
Після смерті Грозного в 1584 р. серйозною проблемою стало питання про наступника. Федір був несповна розуму, Дмитро перебував у дитячому віці. У будь-якому випадку влада дісталася б царського опікуну. Склалися дві боярські угруповання. При безсумнівному участю Бориса царем став Федір Іванович, а Дмитро разом з матір’ю негайно засланий в Углич.
На самому початку правління Федора Івановича Годунов ще не володів всією повнотою влади. Найбільший вплив на монарха надавали боярські роди Романових, Мстиславских і Шуйських.
Використовуючи інтриги і доноси, Годунов почав поступово звільнятися від суперників. Велику допомогу в цьому йому надавала сестра, якій Федір безмежно довіряв. Опали і страти обрушилися, насамперед, на Шуйських. Після заслання В. П. Шуйського в 1586 р. вплив і авторитет Годунова настільки посилилися, що іноземні посли вважали за краще звертатися безпосередньо до нього, а не до Федору Івановичу. Ймовірно, вже в цей період Годунов вперше задумався про те, щоб самому стати царем.
Отримавши необмежену владу над безвольним царем, Годунов приступив до активної діяльності. Найважливішим його діянням у внутрішній політиці стало заснування російської патріархії. У 1589 р. першим російським патріархом став митрополит Іов, а через два року з Константинополя була доставлена Соборна грамота, що підтверджує це рішення.
Годунов всіляко намагався зміцнити свій авторитет. Він відмовлявся підписувати укази про страти. Навпаки, прагнучи створити про себе вигідну думку, Годунов негайно надавав допомогу містам, які постраждали від пожеж і неврожаїв.
У зовнішній політиці невирішеним залишалося російсько-шведський конфлікт. Започаткована Іваном Грозним війна закінчилася короткостроковим світом. В руках шведів залишалося кілька російських міст в Прибалтиці. У 1585 р. перемир’я було продовжено, а у 1590 р. Росія відновила воєнні дії. На чолі армії перебував сам Федір Іванович, Годунов перебував при ньому воєводою. Після розгрому великого шведського загону знову було укладено перемир’я, за яким Росія повертала собі Ям, Копор’є і Іван-місто.
У 1591 р. сталася подія, яка викликала багато чуток і розмов. В Угличі при нез’ясованих обставинах загинув малолітній Дмитро. Офіційне розслідування винесло вердикт: царевич випадково порізався ножем в епілептичному припадку. Однак ця смерть була дуже вигідна Борису Годунову, позбавляючи його від останнього суперника в боротьбі за престол.
Російські війська були зосереджені на західних кордонах. Скориставшись цим, в 1591 р. кримський хан Казі-Гірей вторгся до Росії і зміг підійти до Москві. Годунов пішов на хитрість, наказавши стріляти з усіх гармат. В таборі ворога вирішили, що з заходу до Москви підходить допомогу. Військо хана початок поспішний відступ. Переслідуючи Казі-Гірея, Годунов і князь Мстиславській розгромили відступаюче військо.
При Федора Івановича в 1595 р. був укладений остаточний мир зі Швецією. До Росії відходила ще й Карела, але натомість вона відмовлялася від Нарви і всієї Естонії.
На початку 1598 р. останній представник роду великих московських князів помер, не залишивши спадкоємців. Новим царем був проголошений вже давно стояв на чолі держави Годунов.
Федір Іванович був лише маріонеткою в руках Бориса Годунова. Найважливіші укази писалися під його диктовку. Годунова цікавила не тільки влада. В роки правління Федора він значно зміцнив позиції російської православної церкви, відбив напад кримського хана, а також зміг успішно покінчити з затяжної російсько-шведською війною.
